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“ 想看开放染色质区域,我能提供的细胞量太少,做不了ATAC-seq,怎么办?”
“ 别人做过这个细胞类型的RNA-seq,但还没有DNase/ATAC-seq数据。”
上个月online的一篇Nature Communications文章,解决了以上难题,用RNA-seq推测开放染色质。
通讯作者是Johns Hopkins University的Hongkai Ji。1999年毕业于清华大学自动化系,哈佛大学博士。
用ENCODE项目产生的DNase-seq和RNA-seq数据作为训练集,建立预测模型;输入RNA-seq,预测相应的DNase hypersensitive site,即开放染色质。
白话文
先告诉电脑,如果RNA-seq长这样,那么DNase-seq获得的染色质开放区域应该是这样的。
电脑学会了以后,给它新的RNA-seq数据,它就能推测出相应的染色质开放区域(Predicted DH)。
有了Predicted DH之后,就像DNase/ATAC-seq拿到开放染色质区域后那样的套路:结合motif分析,推测开放区域结合了哪些转录因子;对比两种状态下的差异开放染色质区,就知道哪个转录因子对状态的转变起关键作用。
左侧是真实的DNase-seq得出的开放染色质信号,右侧是用RNA-seq预测出来的开放染色质信号
效果不错哇!好想用我手里的RNA-seq预测开放染色质,找关键转录因子!
该文章提供在线检索和本地预测两种工具:
在线工具PDDB:检索文中预测过的细胞类型的开放染色质信号
进入PDDB网站:
http://jilab.biostat.jhsph.edu/~bsherwo2/bird/index.php
输入你想看的位置(bed文件)、细胞类型,就能检索到用该细胞类型的RNA-seq数据预测出的开放染色质信号。
本地工具BIRD:用自己的RNA-seq预测开放染色质信号
如果PDDB没做过您感兴趣的细胞类型,那就需要自己找RNA-seq数据,用本地化的BIRD工具,预测开放染色质。
BIRD代码已上传到Github
https://github.com/WeiqiangZhou/BIRD
编译:小丫
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